Theo Nghị quyết, dự toán kinh phí hằng năm thực hiện chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo do Nhà nước tài trợ, đặt hàng được lập như sau: Dự toán kinh phí cho nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo chuyển tiếp dự kiến bố trí cho năm kế hoạch.
Dự toán kinh phí cho nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo mở mới được thực hiện như sau:
Dự toán kinh phí được xác định trên cơ sở số nhiệm vụ dự kiến và kinh phí trung bình theo năm của các nhiệm vụ trong các năm trước được xác định theo từng loại hình nhiệm vụ, tăng thêm khi có thay đổi chính sách, chế độ có liên quan và điều chỉnh do lạm phát, giảm phát.
Kinh phí trung bình theo năm của các nhiệm vụ mở mới theo từng loại hình nhiệm vụ được xác định bằng cách lấy tổng kinh phí từ ngân sách nhà nước giao dự toán để triển khai các nhiệm vụ mở mới chia cho tổng số lượng các nhiệm vụ mở mới trong năm của loại hình đó.
Trường hợp năm trước liền kề năm kế hoạch không có nhiệm vụ mở mới thuộc loại hình nhiệm vụ đề xuất hoặc không xác định được loại hình nhiệm vụ mở mới, việc lập dự toán kinh phí cho nhiệm vụ mở mới được thực hiện trên cơ sở đề xuất kinh phí của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan khác ở trung ương và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.
Việc lập dự toán cho nhiệm vụ mở mới của mỗi năm theo từng loại hình nhiệm vụ trong hai năm tiếp theo năm kế hoạch được xác định trên cơ sở tổng số nhiệm vụ mở mới dự kiến và kinh phí trung bình theo năm của nhiệm vụ mở mới theo loại hình đó trong năm trước liền kề năm xây dựng kế hoạch.
Dự toán kinh phí để thực hiện chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo quốc gia đặc biệt phục vụ phát triển công nghệ chiến lược, nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo đặc biệt phục vụ phát triển công nghệ chiến lược, chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo quốc gia đặc biệt, nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo đặc biệt được lập trên cơ sở quyết định phê duyệt chương trình, nhiệm vụ của cơ quan có thẩm quyền và đề xuất kinh phí dự kiến của chương trình, nhiệm vụ.
Dự toán kinh phí để thực hiện chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo quốc gia đặc biệt phục vụ phát triển công nghệ chiến lược, chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo quốc gia đặc biệt gồm dự toán kinh phí cho nhiệm vụ, hoạt động hỗ trợ chuyển tiếp, dự toán kinh phí cho nhiệm vụ, hoạt động hỗ trợ mở mới và dự toán kinh phí cho các khoản chi khác theo quy định của pháp luật.
Dự toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo cấp bách theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 16 Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo và nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo khác triển khai thực hiện theo các nghị quyết của Đảng, Chính phủ được lập dự toán trên cơ sở văn bản chỉ đạo của cơ quan có thẩm quyền và đề xuất kinh phí dự kiến cho nhiệm vụ của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan khác ở trung ương, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.