Theo dự thảo, các tỉnh, thành phố có thể thành lập một số Sở đặc thù như: Sở Ngoại vụ, Sở Dân tộc và Tôn giáo, Sở Du lịch. Riêng Thành phố Hồ Chí Minh và Hà Nội có thể thành lập thêm Sở Quy hoạch - Kiến trúc.
Dự thảo quy định rõ các tiêu chí để thành lập từng sở, đồng thời nêu phương án sáp nhập, chuyển giao chức năng với những địa phương không đủ điều kiện thành lập cơ quan chuyên môn riêng.
Sở Ngoại vụ sẽ được tổ chức ở các địa phương có đặc thù về hợp tác quốc tế và quản lý biên giới. Cụ thể, Sở này được thành lập nếu địa phương có cửa khẩu quốc tế đường bộ, sân bay quốc tế hoặc cảng biển quốc tế. Ngoài ra, điều kiện còn bao gồm việc có ít nhất 500 dự án đầu tư nước ngoài đang hoạt động, tổng vốn FDI đạt trên 100.000 tỷ đồng, có hơn 4.000 người nước ngoài cư trú, hoặc kim ngạch xuất nhập khẩu đạt từ 100.000 tỷ đồng/năm. Những địa phương đã ký kết thỏa thuận hợp tác quốc tế với từ 5 đối tác nước ngoài trở lên cũng có thể thành lập Sở này. Trong trường hợp không đủ điều kiện, chức năng của Sở Ngoại vụ sẽ được chuyển về Văn phòng UBND cấp tỉnh.
Sở Dân tộc và Tôn giáo sẽ được thành lập ở những địa phương có đặc thù về cộng đồng dân tộc thiểu số, tôn giáo. Tiêu chí bao gồm: có từ 20.000 người dân tộc thiểu số sinh sống tập trung, có từ 5.000 người cần hỗ trợ phát triển; có đồng bào dân tộc thiểu số sinh sống tại địa bàn trọng yếu về an ninh quốc phòng, vùng biên giới hoặc khu vực xen cư với dân tộc thiểu số nước láng giềng. Nếu không tổ chức riêng, các địa phương sẽ chuyển chức năng của sở này về Sở Nội vụ.
Sở Du lịch được tổ chức nếu địa phương có Di sản văn hóa vật thể được UNESCO ghi danh, hoặc có khu/điểm du lịch quốc gia, đô thị du lịch, điểm nghỉ dưỡng quy mô lớn. Ngoài ra, ngành du lịch phải được xác định là kinh tế mũi nhọn, đóng góp từ 10% GDP trở lên trong 5 năm liên tục. Các địa phương không đáp ứng điều kiện sẽ sáp nhập lĩnh vực du lịch về Sở Văn hóa và Thể thao, đổi tên thành Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch.
Sở Quy hoạch - Kiến trúc là trường hợp riêng chỉ áp dụng cho Hà Nội và TP Hồ Chí Minh – hai đô thị đặc biệt với yêu cầu cao về quản lý quy hoạch và kiến trúc. Nếu không tổ chức riêng, chức năng của sở này sẽ được sáp nhập vào Sở Xây dựng.
Đề xuất nói trên cho thấy xu hướng tiếp tục cải cách bộ máy hành chính theo hướng linh hoạt, phân cấp, phù hợp với thực tiễn từng địa phương, không áp đặt mô hình cứng nhắc trên toàn quốc. Việc ban hành nghị định mới sẽ là cơ sở pháp lý quan trọng để các tỉnh, thành phố sắp xếp lại hệ thống sở ngành một cách hợp lý, tinh gọn, hiệu quả hơn.
