Theo dự thảo nghị định, cơ cấu tổ chức của Bộ Dân tộc và Tôn giáo gồm 12 đơn vị: Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Pháp chế; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tuyên truyền công tác dân tộc, tôn giáo; Văn phòng; Ban Tôn giáo Chính phủ; Cục Chiến lược - Chính sách Dân tộc; Trung tâm Chuyển đổi số; Học viện Dân tộc và Tôn giáo; Báo VietNamNet và Tạp chí Nghiên cứu Dân tộc và Tôn giáo.
Qua rà soát, đánh giá cơ cấu tổ chức của Bộ trong nhiệm kỳ Chính phủ 2021 - 2026 cơ bản hợp lý, phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao. Các đơn vị quản lý nhà nước, đơn vị sự nghiệp đã cơ bản thực hiện đúng chức năng, nhiệm vụ được giao, thực hiện hiệu lực, hiệu quả trong công tác tham mưu quản lý nhà nước theo từng lĩnh vực chuyên ngành.
Các Vụ, Ban Tôn giáo Chính phủ, Văn phòng Bộ và các đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước thuộc Bộ đều đáp ứng tiêu chí thành lập. Vì vậy, Bộ Dân tộc và Tôn giáo đề xuất giữ ổn định 7 đơn vị quản lý nhà nước gồm: Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Pháp chế; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tuyên truyền công tác dân tộc, tôn giáo; Văn phòng; Ban Tôn giáo Chính phủ (Cục loại 2).
Bộ đề xuất thành lập Cục Chiến lược - Chính sách Dân tộc (Cục loại 2) trên cơ sở từ Vụ Chính sách và bổ sung thêm nhiệm vụ. Lý do của đề xuất này là căn cứ định hướng của Trung ương tại Văn kiện Đại hội 14 của Đảng; kết luận của Bộ Chính trị và Chiến lược công tác dân tộc giai đoạn 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2045.
Dự kiến Cục Chiến lược - Chính sách Dân tộc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ tham mưu giúp Bộ trưởng quản lý nhà nước về chính sách dân tộc, khoa học công nghệ, điều tra cơ bản và bảo vệ môi trường; chủ trì xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, chính sách đặc thù phát triển KT-XH vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi, đặc biệt là tại các địa bàn khó khăn, biên giới, an toàn khu.
Cục cũng sẽ tham mưu các chính sách về văn hóa, ngôn ngữ, người có uy tín và giải quyết các vấn đề xã hội như bình đẳng giới, tảo hôn; chịu trách nhiệm rà soát, kiểm tra việc thực hiện chính sách dân tộc trên cả nước để kiến nghị hoàn thiện và quản lý các nhiệm vụ...
Dự thảo tờ trình cho biết Bộ Dân tộc và Tôn giáo sẽ không tổ chức phòng trong Vụ; Ban Tôn giáo Chính phủ, Cục Chiến lược - Chính sách Dân tộc và Văn phòng Bộ có cơ cấu cấp phòng theo quy định. Với Vụ Tuyên truyền công tác dân tộc, tôn giáo tiếp tục duy trì 2 bộ phận đóng trụ sở tại tỉnh Đắk Lắk và thành phố Cần Thơ.
Bộ cũng đề xuất giữ ổn định 3 đơn vị sự nghiệp công lập: Báo VietNamNet, Tạp chí Nghiên cứu Dân tộc và Tôn giáo, Trung tâm Chuyển đổi số.
Học viện Dân tộc được đề xuất đổi tên thành Học viện Dân tộc và Tôn giáo cho phù hợp với chức năng quản lý nhà nước của Bộ và thực tế chức năng, nhiệm vụ của Học viện Dân tộc hiện nay. Học viện Dân tộc là đơn vị sự nghiệp công lập, cơ sở giáo dục khác có hoạt động giáo dục đại học.
